ژن LTP کد کننده پروتئین ناقل لیپید در گیاهان می باشد. این ژن غنی از بازهای گوانین و سیتوزین می باشد. وجود این بازها باعث می شود تا آغازگرهای طراحی شده برای ژن LTP در مرحله اتصال در چرخهPCR ، ساختارهای ثانویه زیادی ایجاد کنند و نهایتا محصول غیر اختصاصی تولید شود. موادی مثل بتائین، دی متیل سولفوکسید (DMSO) و آمونیوم سولفات (AMS) می توانند این مانع را رفع کنند. در این تحقیق گرادیانی از هر یک از این مواد در واکنش PCR گذاشته شد و نهایتا غلظت های بهینه برای هر کدام از این مواد به دست آمد. در این میان 4.5 میکرولیتر بتائین 5M))، 2.25 میکرولیتر دی متیل سولفوکسید (10%) و 2.25 میکرولیتر بافر آمونیوم سولفات در حجم کلی 25 میکرولیتر از مخلوطPCR ، غلظت های بهینه گزارش شدند.

براساس ترادف های نوکلیوتیدی پروتیین حرکتی (MP) جدایه های ایرانیو جهانی ویروس برگ بادبزنی مو (GFLV)، جفت آغازگر هرزGMPF1 و GMPR طراحی شد. با ساخت cDNA به کمک Oligo d(T)18 ا زهرکدام از نمونه های RNA کل استخراجی از برگ موهای آلوده و انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) بر روی آنها با آغازگرهای هرز تحت دامنه ای از درجات حرارت آنیلینگ از 48 تا 62°C معلوم شد که 55°C مطلوب ترین نتیجه را از لحاظ تولید دقیق قطعه مورد نظر (1044bp) از حداکثر تعداد ممکنه تاک های بیمار داده است اگر چه چند قطعه غیراختصاصی نیز همراه با قطعه موردنظر حاصل گردید. با وجود این، با بکارگیری روش پی- سی- آر داغ آغاز (“hot-start” PCR) و آنیاینگ در 60°C قطعه اختصاصی مورد انتظار از 41 نمونه از تعداد کل 86 نمونه آلوده به دست آمد. تولید cDNA پروتئین حرکتی GFLV برای اولین بار در ایران انجام گرفت که از لحاظ تولید آنتی بادی نوترکیب ویژه این پروتئین برای استفاده در مطالعات مربوط به تعامل ویروس- درختچه مو و ایجاد تاک های مقاوم (براساس MP) حایز اهمیت فراوان می باشد.

سوختگی غلاف برنج که توسط قارچ Rhizoctonia solani ایجاد میشودیکی ازمخرب ترین بیماری های برنج درسرتاسرجهان است. روش متداول مبارزه بااین بیماری استفاده ازقارچ کش هااست که مشکلات جدیدی درپی دارد. بنابراین آشنایی با مکانیسم های سلولی ومولکولی میانکنش ما بین پاتوژن ومیزبان درمدیریت بیماری وبه کارگیری روش های موثر کنترل بیماری ضروری می باشد. دراین تحقیق باا ستفاده ازابزار بیوانفورماتیک وRT-PCR ژن کدکننده پروتئین پیتا(Pita)درسه سویه جغرافیایی مختلف، R1، A2 وT2 ازایران، شناسایی شد. توالی های ابتدای '' 5 ازژن پیتا درسویه های موردمطالعه درنواحی اینترونی 100٪ ودرنواحی اگزونی 99٪ تشابه داشتندکه احتمال دخا لت این ژن دربیماری زایی را مطرح می سازد. ازسوی دیگر احتمال ترشحی بودن آن با استفاده از مطالعه بیوانفورماتیک و نرم افزار SignalP پیش بینی شد که باتوجه به شباهت زیاد(98٪ ) آن با ژن پیتادر Magnaporthe oryzae احتمال افکتور بودن این ژن در ریزوکتونیا را افزایش می دهد. برای اطمینان از این امر، تعیین توالی کامل ژن ومطالعه بیان آن در میانکنش گیاه-پاتوژن پیشنهاد می شود.

باکتریوسین ها، پپتیدها یا پروتئین های سنتز شده ریبوزومی هستند که بر علیه گونه های ژنتیکی نزدیک به باکتری تولید کننده خاصیت کشندگی یا مهارکنندگی رشد دارند و سبب افزایش ماندگاری و ایمنی محصولات غذایی می گردند. در این تحقیق، مطالعه بر روی سویه های بومی لاکتوباسیلوس پلنتاروم (DL2، BL1، L28، L27، L25 و EL3)، که قابلیت بازدارندگی رشد آن ها مورد بررسی قرار گرفته بود، صورت گرفت. بعد از تایید مطالعات قبلی مبنی بر قابلیت بازدارندگی سویه ها توسط تست انتشار از دیسک (Disk diffusion assay) و مشاهده نتایج مورد انتظار، جهت بررسی ژن کد کننده باکتریوسین، واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) با استفاده از آغازگرهای اختصاصی انجام گرفت. مناطق ژنی مورد نظر در سویه های BL1، L28، L25 وEL3  تکثیر پیدا کردند. استفاده از پرایمرهای طراحی شده و توالی یابی نشان می دهد سویه EL3 شامل ژن های ساختاری برای باکتریوسین های plnEF، plnJK وplnN  می باشد، اگرچه سویه های L28 و BL1 لاکتوباسیلوس پلنتارومتنها دارای ژن های ساختاری برای تولید پلنتاریسین EF هستند. توالی ها دارای تشابه %99 با ژن های ایزوله های لاکتوباسیلوس پلنتاروم ثبت شده در پایگاه داده NCBI بوده و توالی این ایزوله ها با شماره دسترسی EL3 (KT028600)، L28 (KT028601) و BL1 (KT028602) در Gene Bank ثبت شده اند.

مقدمه: لیشمانیا ماژور عامل مولد بیماری لیشمانیوز پوستی مرطوب (ZCL) بوده و میلیونها نفر از مردم جهان از ابتلا به آن رنج میبرند، قریب به ده درصد از جمعیت جهان در معرض خطر ابتلا به این بیماری قرار دارند و سالانه حدود دو میلیون مورد جدید لیشمانیوز از سراسر دنیا گزارش می شود. این بیماری در بعضی از مناطق ایران اندمیک بوده و یک مشکل بهداشتی عمده محسوب می شود. از بین پروتئینهای کاندید واکسن لیشمانیا پروتئین LACK به لحاظ نقش موثرش در تنظیم پاسخ ایمنی در مقابل لیشمانیا از اهمیت ویژه ای برخوردار است. هدف از انجام این طرح، کلون کردن ژن LACK بمنظور تولید پروتئین نوترکیب آن است.روشها: این پروژه که یک مطالعه تجربی آزمایشگاهی (Exprimental laboratory study) است که در گروه انگل و قارچ شناسی دانشکده پزشکی و آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشکده داروسازی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان در سالهای 1382 و 1383 و به مدت 14 ماه انجام شده است. ژن LACK لیشمانیا ماژور سویه ایران (MRHO/IR/75/ER) برای اولین بار کلون و توالی نوکلئوتیدی (Sequence) آن مشخص شد. برای این کار پرایمرهای مناسب بر اساس توالی ژن LACK (در بانک ژنی) طراحی و به کمک PCR و با استفاده از آنزیم Taq polymerase قطعه LACK از DNA لیشمانیاماژور تکثیر گردید، سپس این قطعه به پلاسمید pTZ57R الحاق (Ligate) و حاصل الحاق قطعه مورد نظر و پلاسمید (Constract) به باکتری E.coli XL1 blue ترانسفورم و باکتری مذکور تحت شرایط مناسب کشت داده شد. کلونهای حاصله به کمک هضم بوسیله آنزیمهای محدودالاثر مختلف غربال گردیدند. بعد از تائید بوسیله هضم آنزیمی، یکی از پلاسمیدهای نوترکیب برای تایید نهایی به روش Automated DNA Sequencing تعیین توالی (Sequence) شد. نتایج: مقایسه توالی نوکلئوتیدی (Sequence) ژن LACK بدست آمده از لیشمانیا ماژور سویه ایران با توالی این ژن از لیشمانیا ماژور در بانک ژنی (Accession number U27568) نشان داد که بین این دو ژن از نظر توالی نوکلئوتیدی 99 درصد مشابهت وجود دارد، توالی نوکلئوتیدی ژن LACK تکثیر (Amplify) شده دارای 939 جفت باز بوده و 313 اسید آمینه را کد می کند.نتیجه گیری: تشابه کامل سکانس ژن LACK لیشمانیا ماژور سویه ایران با سکانس این ژن از سایر سویه های لیشمانیا ماژور و سایر گونه های لیشمانیا با نتایج بدست آمده از سایر مطالعات که نشان می داد این سکانس در بین گونه های مختلف لیشمانیا حفاظت شده (Conserved) است مطابقت دارد. بنا بر این می توان چنین نتیجه گرفت که حاصل تحقیقات مرتبط با ژن LACK در بین گونه های مختلف لیشمانیا قابل تعمیم به یکدیگرند. با بریدن و جدا کردن توالی LACK از محصول بدست آمده (Construct) و انتقال آن به پلاسمید مناسب دیگری می توان پروتئین نوترکیب LACK را بیان و تولید کرد. بعلاوه، این امکان نیز وجود دارد که با ایجاد موتاسیون یا غیر فعال کردن قسمتی از ژن مذکور بیماریزایی انگل لیشمانیا را تعدیل کرد.

در سالهای اخیر روشهای دسته بندی ژنتیکی سویه های توکسو پلاسما گونده ای بطور گسترده ای انجام شده است. از نقطه نظر تکنیکی، روشهای کاربردی زیادی برای مطالعه ژنتیکی روی لوکوسهای تک- کپی (Single-copy) همچون PCR-RFLP, RFLP ، تعیین توالی RAPD-PCR, (Sequencing) و آنالیز ایزوآنزیمی بکار گرفته شده است. ما در این تحقیق کلونینگ و تعیین توالی ژن کد کننده آنتی ژن اصلی سطحی (P30 یا SAG1) توکسو پلاسما گونده ای را بررسی نمودیم. SAG1 آنتی ژن ایمنودو مینانت تاکی زوئیت های توکسو پلاسما گونده ای است و به عنوان اصلی ترین مولکول در تهیه واکسن های نو ترکیب و واکسن های DNA علیه بیماری توکسو پلاسموزیس می باشد. در این تحقیق، ابتدا DNA ژنومی توکسو پلاسما گونده ای استخراج گردید و به عنوان الگو برای PCR ژن SAG1 استفاده شد. سپس محصول PCR درون پلاسمید pTZ57R.T کلون شد و پلاسمید نو ترکیب حاوی ژن pT-SAG1) SAG1) از باکتریهای ترانسفورم شده استخراج و ژن SAG1 کلون شده در پلاسمید pT -SAG1 تعیین توالی شد. نتایج نشان داد که ژن P30 اینترون ندارد و می تواند از DNA ژنومی مرحله تاکی زوئیت جدا شود. همچنین نتایج نشان داد که ژن SAG1 در پلاسمید pTZ57R.T کلون شده است و پلاسمید نو ترکیب تولید شده است و باکتری E.coli سویه TG1 بهترین میزبان برای ترانسفورماسیون پلاسمید pT-SAG1 جدا شده از سویه با حدت توکسوپلاسما گونده ای (معروف به RH)، شباهت صد در صدی با سویه P-Br، سویه P و سویه C دارد و با سویه RH و سویه ZS1 شباهت 98 درصدی دارد.

زمینه: لپتوسپیروزیس نوعی بیماری مشترک بین انسان و دام است، که توسط باکتری لپتوسپیزا اینتروگانس ایجاد می شود. ژن بیان کننده LipL21 یکی از ژن های شناسایی شده در باکتری لپتوسپیرا است که فقط در سویه های بیماری زا وجود دارد. هدف از این تحقیق کلونینگ و آنالیز تعیین توالی ژن کد کننده لیپوپروتئین سطحی LipL21 در 5 سرووار واکسینال باکتری لپتوسپیرا اینتروگانس در ایران می باشد.مواد و روش ها: سرووارهای بیماری زای لپتوسپیرا اینتروگانس در محیط کشت اختصاصیEMJH و 10 درصد سرم خرگوش کشت داده شدند. بعد از استخراج DNA ژنومیک با استفاده از پرایمرهای اختصاصی PCR گذاشته شد و محصول PCR در درون وکتور E.Coli DH5a انتقال داده شد. پلاسمیدهای نوترکیب جهت تعیین توالی ارسال گردید.یافته ها: آنالیز توالی ژن lipL21 در مورد سرووارهای واکسینال داخلی و مقایسه آن ها با دیگر سرووارهای موجود در بانک ژنی نشان داد که 3 سرووار واکسینال سرجوهاردجو، کانی کولا و پومونا دارای 100 درصد تشابه با همدیگر می باشند و سرووار گریپوتیفوزا دارای بیشترین اختلاف با سرووارهای واکسینال می باشد. در کل نتایج نشان داد که این ژن یک ژن بسیار حفاظت شده در سرووارهای واکسینال بومی و سرووارهای موجود در بانک ژنی با درصد تشابه بالای 95.7 درصد می باشد.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که ژن lipL21 در میان سرووارهای واکسینال بسیار حفاظت شده (96.4 درصد< شباهت) می باشد. بنابراین ژن کد کننده پروتئین سطحی LipL21 می تواند به عنوان یک تست سرولوژیک مناسب با ویژگی و حساسیت بالا برای تشخیص درست و به موقع لپتوسپیروزیس در نمونه های کلینیکی و هم در آینده به عنوان کاندیدایی برای واکسن های زیرواحد موثر مورد استفاده قرار گیرد.

سابقه و هدف: ترایکوفایتون ویولاسئوم یک قارچ درماتوفیت است که پوست، ناخن و موی انسان را مورد تهاجم قرار می دهد. اما مطالعات کمی بر روی زیست شناسی مولکولی این قارچ انجام شده است. این مطالعه با هدف بررسی حضور ژن کد کننده اسکوالن اپواکسیداز در قارچ ترایکوفایتون ویولاسئوم انجام شده است.مواد و روش ها: این مطالعه به صورت مقطعی بر روی قارچ ترایکوفایتون ویولاسئوم جدا شده از بیماران مراجعه کننده به بخش قارچ شناسی دانشگاه علوم پزشکی تهران با علایم کچلی، انجام گردید. پس از استخراج DNA، به کمک پرایمرهای اختصاصی، ژن کد کننده اسکوالن اپواکسیداز با روش PCR تکثیر و توالی آمینواسیدی آن با روش تعیین توالی مشخص گردید.یافته ها: الکتروفورز محصول PCR حضور قطعه حدود 600 جفت بازی، تایید کننده تکثیر ژن اسکوالن اپوکسیداز را نشان داد. این توالی با شماره دسترسی JX869101 در پایگاه جهانی ژن (NCBI) ثبت گردید. این قطعه، پروتئینی با 220 آمینو اسید را رمز می نماید. مقایسه توالی این ژن با سایر ژن های موجود در بانک های اطلاعات ژنتیکی، همسانی بالا و معنی دار آن را با سایر ژن های کد کننده پروتئین آنزیم اسکوالن اپوکسیداز در قارچ ها و یوکاریوت های دیگر نشان داد.نتیجه گیری: نتایج این پژوهش نشان داد که توالی اسیدآمینه که پروتئین را می سازد حدود 78 درصد با توالی اسکوالن اپواکسیداز سایر قارچ ها تشابه دارد.

اسهال ویروسی گاو (Bovine Viral Diarrhea) یکی از بیماری های ویروسی بسیار مهم این حیوان است که به وسیله ی یک پستی ویروس (BVDV) از خانواده ی فلاوی ویریده، ایجاد می شود. BVDV با تاثیرگذاری بر روند تولید مثل نیز خسارت های بسیاری را موجب می شود. پروتئین E2 مهم ترین پروتئین ساختمانی این ویروس در القای پاسخ ایمنی محافظت کننده است. هدف از این پژوهش، کلونینگ و بیان ژن پروتئین E2 در باکتری E. coli بود. ژن مورد نظر با استفاده از RT-PCR تکثیر و در پلاسمید pMAL-c2X کلون گردید. از طرفی، صحت ردیف نوکلئوتیدی محصول های کلون شده با تعیین توالی نوکلئوتیدی مورد تایید قرار گرفته و بیان پروتئین توسط E. coli با استفاده از روش SDS-PAGE بررسی شد. از طرف دیگر، ویژگی آنتی ژنی پروتئین E2 نوترکیب در آزمایش ایمنوبلات تایید گشته و پس از انجام دادن سونیکاسیون سلول های باکتری مشخص گردید که پروتئین نوترکیب به شکل محلول می باشد. این نتایج، نشان دهنده ی این است که پلاسمید نوترکیب فوق، پروتئین E2 را به صورت کارا بیان می کند.